Прародительницей Национального центра кардиологии и терапии считается кафедра факультетской терапии Кыргызского государственного медицинского института, где в 1967 году на основании постановления Госкомитета по науке и технике при Совете Министров СССР была создана проблемная лаборатория “Физиология и патология организма человека в условиях высокогорья” под руководством проф. М.М.Миррахимова. В 1977 году проблемная лаборатория была преобразована в Киргизский НИИ кардиологии Министерства здравоохранения Киргизской ССР, который стал первым научно-исследовательским учреждением кардиологического профиля в регионе всей Центральной Азии.
В 1996 году Институт кардиологии был преобразован в Национальный центр кардиологии и терапии (НЦКТ) при Министерстве здравоохранения Кыргызской Республики. Статус НЦКТ определен как высшая государственная научная медицинская организация на территории Кыргызской Республики по кардиологии, внутренней и горной медицине.
В 2002 году на базе отдела фундаментальных исследований НЦКТ был создан межведомственный Научно-исследовательский институт молекулярной биологии и медицины. В 2003 году отдел кардиохирургии НЦКТ был преобразован в Научно-исследовательский институт хирургии сердца и трансплантации органов, целью создания которого была оптимизация диагностической и специализированной хирургической помощи больным с заболеваниями сердца и других жизненно важных органов.
В настоящее время указанные институты осуществляют свою научную и иную деятельность независимо от НЦКТ.
30 октября 2004 года Национальному центру кардиологии и терапии при Министерстве здравоохранения Кыргызской Республики присвоено имя академика Мирсаида Миррахимова.
Таким образом, научно-исследовательская проблемная лаборатория “Физиология и патология организма человека в условиях высокогорья” превратилась сегодня в крупный высококвалифицированный научно-лечебно-учебный центр в области кардиологии, внутренней и горной медицины.Здесь отлажены и функционируют современные, соответствующие международным стандартам, технологии диагностики и лечения; работают высококвалифицированные кадры, имеется высокоточная аппаратура.